กรณีที่มีการตรวจสอบ ขบวนการทุจริตเงินงบฯ โครงการเงินอุดหนุนการบูรณะปฏิสังขรณ์วัดและการพัฒนาวัดของ สำนักพระพุทธศาสนสถาน ในหลายวัดทั่วประเทศนั้น พบว่าในภาคเหนือมีมากมายหลายวัด ซึ่งล่าสุดคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ (ป.ป.ช.) มีมติชี้มูลความผิดคดี ปี 2556 และปี 2558 จำนวน 2 สำนวน ประกอบด้วยคดีโอนเงินให้วัดต่างประเทศ 5.7 ล้านบาท และคดีเงินทอนวัดใน จ.ลำปาง 5 แห่ง และ จ.แพร่ 6 แห่ง โอนเงินไป 24 ล้าน แต่มีการทอนเงินเข้ากระเป๋า 17.8 ล้านบาท
สำหรับกรณีวัดพระพุทธบาทตากผ้า ต.มะกอก อ.ป่าซาง จ.ลำพูน เริ่มจาก เจ้าอาวาสวัดไทยเดนมาร์กฯ ติดต่อเจ้าอาวาสวัดพระพุทธบาทตากผ้า แจ้งว่าจะขอนำเงินอุดหนุน ผ่านบัญชีของทางวัดเพื่อโอนต่อไปวัดไทยเดนมาร์กฯ ต่อมา นายนพรัตน์ เบญจวัฒนานันท์ อดีต ผอ.สำนักพระพุทธศาสนาสถาน ได้พบเจ้าอาวาสวัดพระพุทธบาทตากผ้า ในงานพิธีกรรมทางพระพุทธศาสนาแห่งหนึ่ง และแจ้งให้เจ้าอาวาสวัดพระพุทธ บาทตากผ้าทราบ
จากนั้น 25 ธ.ค. 2555 นายวสวัตติ์ กิตติธีระสิทธิ์ อดีต ผอ.ส่วนบูรณะพัฒนาวัดและการศาสนสงเคราะห์ สำนักพระพุทธศาสนสถาน ได้ทำเอกสารจัดสรรเงินให้วัดพระพุทธบาทตากผ้า 3 ล้านบาท เสนอนายเฉลิมพล มีศิลารัตน์ ผอ.กองพุทธศาสนสถาน พิจารณาขออนุมัติและเสนอเรื่องต่อ นายพนม ศรศิลป์ รอง ผอ. พิจารณาเพื่อเสนอเรื่องต่อ นายนพรัตน์ อนุมัติ ต่อมา 12 ก.พ. 2556 ก็จัดสรรมาอีก 3 ล้านบาท เมื่อรับเงินครบ 6 ล้าน ได้แจ้งให้เจ้าอาวาสวัดพระพุทธบาทฯ โอนเงินดังกล่าวไปยังเจ้าอาวาสวัดไทยในเดนมาร์กเมื่อ 9 ม.ค. 2556 จำนวน 2,899,970 บาท และ 21 ก.พ.2556 จำนวน 2,899,970 บาท รวมทั้งสิ้น 5,799,940 บาท
ป.ป.ช. พิจารณาเห็นว่าการจัดสรรเงินดังกล่าว ไม่ชอบด้วยหลักเกณฑ์ มีการจัดทำรายงานขอรับงบเป็นเท็จขึ้น ล่าสุด ช่วง มี.ค. 2561 อยู่ระหว่างไต่สวนข้อเท็จจริง และรับฟังคำชี้แจงแก้ข้อกล่าวหา แต่ผู้เกี่ยวข้องหลบหนี และจับกุมได้เพียงนายพนม ในส่วนการทุจริตงบอุดหนุน 6 วัดในลำปางและแพร่นั้นนายวสวัตติ์ ถูกกล่าวหาว่า ทุจริตเบิกจ่ายเงินงบวัดทุ่งต๋ำ ต.เสริมกลาง อ.เสริมงาม , วัดบ้านอ้อ ต.แม่กัวะ อ.สบปราบ จ.ลำปาง ระหว่างปี 2550 ถึง 2558 และวัดวัฒนาราม(ห้วยลิง) ต.สบปราบ อ.สบปราบ จ. ลำปาง ช่วง ต.ค.2557
จากการไต่สวนข้อเท็จจริง เจ้าอาวาสวัดบ้านอ้อขณะนั้น ได้ติดต่อไปยังนางณัฐฐาวดี ตันตยาวิสาสุทธิ นักวิชาการศาสนาชำนาญการ สำนักพุทธศาสนสถาน  เพื่อของบอุดหนุนการบูรณปฏิสังขรณ์วัดและพัฒนาวัดประจำปีงบ 58 ต่อมานางณัฐฐาวดี ได้นำเรื่องดังกล่าวไปแจ้งยัง น.ส.ประนอม คงพิกุล เมื่อครั้งดำรงตำแหน่ง ผอ.กองพุทธศาสนสถาน ซึ่งได้แจ้งนางณัฐฐาวดี ให้แจ้งวัดว่าหากต้องการจะได้รับงบต้องโอนเงินคืนมาประมาณ 70-80 % ( 24ล้าน โอนคืน 17.8 ล้านบาท)
ต่อมานายพนม ศรศิลป์ ผอ.สำนักพระพุทธศาสนา และน.ส.ประนอม คงพิกุล รอง ผอ.ฯ ได้สั่งการให้นายวสวัตติ์ ดำเนินการจัดทำเอกสารมีการอนุมัติเงินงบวัดละ 4 ล้านบาท และได้แจ้งชื่อวัดทั้ง 6 วัด ประกอบด้วย วัดบ้านอ้อ วัดวัฒนาราม วัดอุมลอง วัดทุ่งต๋ำ วัดหาดปู่ด้าย และวัดศรีบุญนำ ให้นางณัฐฐาวดี ไปแจ้งเจ้าอาวาสวัดบ้านอ้อ  ว่าวัดต่างๆ จะต้องโอนเงินกลับคืนมาจำนวนเท่าใด
ล่าสุด ป.ป.ช. พิจารณาแล้วมีมติชี้มูลความผิด นายพนม ,น.ส.ประนอม ,นายวสวัตติ์ ,นางณัฐฐาวดี และนายศิวโรจน์ (สึกจากการเป็นพระแล้ว) ทั้งความผิดทางอาญา และวินัยร้ายแรง ปัจจุบันคดีที่เกี่ยวกับการทุจริตเงินงบประมาณสำนักพุทธศาสนา ที่ป.ป.ช.กำลังดำเนินการ รวม 80 เรื่อง ทำเสร็จแล้ว 19 เรื่อง อยู่ระหว่างไต่สวนข้อเท็จจริง 17 เรื่อง และแสวงหาข้อเท็จจริง 44 เรื่อง ทั้งนี้เงินรายรับ-รายจ่ายของวัด ที่มีอยู่กว่า 3 หมื่นแห่งทั่วประเทศ มีเพียง 180 วัดเท่านั้น ที่ส่งตัวเลขเข้าระบบตรวจสอบ จนก่อให้เกิดความเสียหายต่องบฯสำนักพระพุทธศาสนาฯ หลายร้อยล้านบาท